El Castillo de San Miguel está datado en la época fenicia, si bien posteriormente fue una fortaleza romana, ya que hay restos que lo confirman. Este castillo fortaleza ha vivido episodios históricos escritos en la Historia de Almuñecar, y que se conservan en el Museo Arqueológico.

Posteriormente, durante la dominación árabe, en la cual esta fortaleza fue pieza clave en la entrada de Abderraman I, en la Revuelta de Omar Ben Hafsún…. Hechos en los que participó activamente, este Castillo Fortaleza también fue palacio de algunos sultanes.

Tras la capitulación de 1489, el Castillo pasó a formar parte del Reino cristiano.