1500 anni prima della nostra erano giá presenti insediamenti in questa zona e durante l'Etá del Bronzo sappiamo che Almunecar era popolato da un buon numero di persone. Poi vennero i Fenici, i romani, gli arabi ed i cristiani: ogni civilizzazione ha lasciato in ereditá qualcosa ed oggi Almunecar é una cittá molto interessante dal punto di vista storico.

Le prime civilizzazioni risalgono al XV secolo a.C., la cosiddetta Etá del Bronzo, mentre i Fenici arrivarono ad Almunecar intorno al X secolo a.C.: i Fenici furono i primi a strutturare nuclei urbani, mentre furono i Romani, nel III secolo a.C., a fare di Almunecar una cittá.
In epoca romana Almunecar fu un importante centro economico per il commercio del "garum", o tonno rosso. Risale a questo periodo la costruzione di templi e teatri che ancora oggi resistono al passo del tempo.

Nel VIII secolo gli Arabi arrivarono in Spagna ed Abderraman I arriva ad Almunecar nel 755, convertendosi in una cittá fortezza.
Nell'epoca di Al-Andalus appartenne al Regno Taifa di Granada.
Gli Arabi capitolarono nel 1489.

Almunecar fu chiamata Sexi dai Fenici, Hins-Al Monacar dai Musulmani, nome che époi divenuto l' Almunecar attuale.